Джонатан Суифт е роден на 30 ноември 1667 г. като второ дете и единствен син на ирландец и англичанка. Баща му умира няколко месеца преди раждането на сина си, а майка му се връща в Англия, оставяйки малкия Джонатан на грижите на влиятелния му чичо Годуин, близък приятел със сър Джон Темпъл, при чийто син по-късно Суифт служи като секретар.

Суифт завършва прочутия Тринити колидж в Дъблин. Политическите проблеми, които преживява Ирландия, го принуждават да замине за Англия. Там майка му успява да го препоръча на сър Уилям Темпъл и младежът започва да работи като негов секретар. Заедно с това получава и магистърска степен от Университета в Оксфорд.

През 1694 г. Джонатан Суифт е ръкоположен за свещеник и е назначен за викарий в малка провинциална енория. През 1702 г. получава докторска степен от Тринити колидж в Дъблин. После заминава за Англия, където става член на влиятелния литературен кръг, ръководен от Александър Поуп, и започва активно да се занимава с политика. След няколко политически интриги е принуден да се върне в Ирландия. В Дъблин е назначен за декан на катедралата „Свети Патрик“, на който пост остава до края на живота си.

Първите му творби са памфлетите „Битката на книгите“ и „Приказка на бъчвата“.

През 1724 г. излиза сборникът „Пътешествията на Гъливер“, с който печели световна популярност.

Умира на 18 октомври 1745 г. в Дъблин.